ModRedundant 输入部分中的行使用以下语法：

[类型] N1 [N2 [N3 [N4]]] [A | F]
[ 类型 ] N1 [N2 [N3 [N4]]] B 
[ 类型 ] N1 [N2 [N3 [N4]]] K | R 
[ 类型 ] N1 [N2 [N3 [N4]]] D 
[ 类型 ] N1 [N2 [N3 [N4]]] H diag-elem 
[ 类型 ] N1 [N2 [N3 [N4]]] S nsteps stepsize

N1, N2, N3, 和 N4 是原子编号或通配符（下文讨论）。原子编号从 1 开始，任何虚原子都不计入。

原子编号后面跟着一个表示要执行的坐标修改的单字母代码；操作代码有时后面还跟着所需的额外参数，如上所示。如果未包含操作代码，则默认操作是添加指定的坐标。以下是可用的操作代码：

A 如果已冻结，激活该坐标以进行优化。
F 在优化中冻结该坐标。
B 添加该坐标并构建所有相关坐标。
K 删除该坐标并清除所有包含该坐标的相关坐标。
R 从定义列表中删除该坐标（但不删除相关坐标）。
D 为该坐标的初始 Hessian 的行和列计算数值二阶导数。
H 将初始 Hessian 中的对角元素更改为 diag-elem。
S 执行弛豫势能面扫描。将坐标按 stepsize 增幅，总共增加 nsteps 次，从每个生成的起始几何结构进行优化。

在原子编号的位置用星号 (*) 表示通配符。以下是一些通配符使用的示例：

* 由笛卡尔坐标指定的所有原子。
* * 所有已定义的键。
3 * 具有原子 3 的所有已定义的键。
* * * 所有已定义的价角。
* 4 * 围绕原子 4 的所有已定义的价角。
* * * * 所有已定义的二面角。
* 3 4 * 连接原子 3 和 4 的键周围的所有已定义的二面角。

默认情况下，坐标类型是根据指定的原子数确定的：1个原子为笛卡尔坐标，2个原子为键长，3个原子为价键角，4个原子为二面角。此外，可选类型可用于指定这些以及其他坐标类型：

X 笛卡尔坐标。
B 键长。
A 价键角。
D 二面角。
L L由三个原子（如果 N4 是 -1）或由四个原子指定的线性弯曲，其中第四个原子用于确定线性弯曲的两个正交方向。